Para alteração de numerações e séries, clique em Cadastros e configurações e depois, localize as opções de CTe ou de MDFe.
Dessa forma, quando clicar na opção CTe ou MDFe, terá a aba de numeração e assim, pode ajustar conforme a sua necessidade.
Atenção: Após emitir um CTe com o número X, não é possível configurar uma numeração menor que essa.
